Publications

*Corresponding author
1. Nishimori K., Luqman-Fatah A., Watanabe Y., Takahashi M., Ito T., Ishikawa F., Miyoshi T.*
The interferon-stimulated gene product HERC5 inhibits human LINE-1 retrotransposition with an ISGylation-independent mechanism.
bioRxiv. (2025) DOI: 10.1101/2025.09.09.675047.

 

2. Iwasaki Y.W., Shoji K., Nakagawa S., Miyoshi T., Tomari Y.*
Transposon-host arms race: a saga of genome evolution.
Trends Genet. 41(5), 369-389. (2025) DOI: 10.1016/j.tig.2025.01.009.

 

3. Luqman-Fatah A.*, Nishimori K., Amano S. Fumoto Y., and Miyoshi T.*
Retrotransposon life cycle and its impacts on cellular responses.
RNA Biology. 21(1), 11-27. (2024) DOI: 10.1080/15476286.2024.2409607.

 

4. Yano N., Chong PF., Kojima KK., Miyoshi T., Luqman-Fatah A., Kimura Y., Kora K., Kayaki T., Maizuru K., Hayashi T., Yokoyama A., Ajiro M., Hagiwara M., Kondo T., Kira R., Takita J., Yoshida T.*
Long-read sequencing identifies an SVA_D retrotransposon insertion deep within the intron of ATP7A as a novel cause of occipital horn syndrome.
J Med Genet. 61(10), 950-958. (2024) DOI: 10.1136/jmg-2024-110056

 

5. Hara T., Nakaoka H.*, Miyoshi T., and Ishikawa F.*
The CST complex facilitates cell survival under oxidative genotoxic stress.
PLOS ONE. 18(8), e0289304. (2023) DOI: 10.1371/journal.pone.0289304.

 

6. Mizumoto A., Yokoyama Y., Miyoshi T., Takikawa M., Ishikawa F., and Sadaie M.*
DHX36 maintains genomic integrity by unwinding G-quadruplexes.
Genes Cells. 28(10), 694-708. (2023) DOI: 10.1111/gtc.13061.

 

7. Luqman-Fatah A., Watanabe Y., Ishikawa F., Moran J.V., and Miyoshi T.*
The interferon stimulated gene-encoded protein HELZ2 1 inhibits human LINE-1 retrotransposition and LINE-1 RNA-mediated type I interferon induction.
bioRxiv. (2022) DOI: https://doi.org/10.1101/2022.03.26.485892.
Nature Communications. 14(1), 203. (2023) DOI: 10.1038/s41467-022-35757-6

 

8. Luqman-Fatah A.* and Miyoshi T.*
Human LINE-1 Retrotransposons: Impacts on the Genome and Regulation by Host Factors.
Genes & Genetic Systems. 98(3), 121-154 (2023) DOI: 10.1266/ggs.22-00038

 

9. Yamamoto I., Nakaoka H.*, Takikawa M., Tashiro S., Kanoh J., Miyoshi T.*, and Ishikawa F.*
Fission yeast Stn1 maintains stability of repetitive DNA at subtelomere and ribosomal DNA regions.
Nucleic Acids Res. 49(18), 10465-10476. (2021) DOI: 10.1093/nar/gkab767.
* Co-corresponding authors

 

10. Miyoshi T.*, Makino T., and Moran J.V.*
Poly(ADP-ribose) polymerase 2 recruits replication protein A to sites of LINE-1 integration to facilitate retrotransposition.
Molecular Cell. 75(6), 1286-1298. (2019) DOI: 10.1016/j.molcel.2019.07.018.
* Co-corresponding authors

 

11. Takemata N., Oda A., Yamada T., Galipon J., Miyoshi T., Suzuki Y., Sugano S., Hoffman C.S., Hirota K., and Ohta K.*
Local potentiation of stress-responsive genes by upstream noncoding transcription.
Nucleic Acids Res. 44(11), 5174-5189. (2016) DOI: 10.1093/nar/gkw142.

 

12. Kopera H.C., Flasch D.A., Nakamura M., Miyoshi T., Doucet A.J., and Moran J.V.*
LEAP: L1 Element Amplification Protocol.
Methods Mol. Biol. 1400, 339-355. (2016) DOI: 10.1007/978-1-4939-3372-3_21.

 

13. Doucet A.J., Wilusz J.E., Miyoshi T., Liu Y., and Moran J.V.*
A 3’ poly(A) tract is required for LINE-1 retrotransposition.
Molecular Cell. 60(5), 728-741. (2015) DOI: 10.1016/j.molcel.2015.10.012.

 

14. Oda A., Takemata N., Hirata Y., Miyoshi T., Suzuki Y., Sugano S., and Ohta K.*
Dynamic transition of transcription and chromatin landscape during fission yeast adaptation to glucose starvation.
Genes Cells. 20(5), 392-407. (2015) DOI: 10.1111/gtc.12229.

 

15. Miyoshi T., Ito M., and Ohta K.*
Spatiotemporal regulation of meiotic recombination by Liaisonin.
Bioarchitecture. 3(1), 20-24. (2013) DOI: 10.4161/bioa.23966.

 

16. Miyoshi T.#, Ito M.#, Kugou K., Yamada S., Furuichi M., Oda A., Yamada T., Hirota K., Masai H., and Ohta K.
A central coupler for recombination initiation linking chromosome architecture to S-phase checkpoint.
Molecular Cell . 47(5), 722-733. (2012) DOI: 10.1016/j.molcel.2012.06.023.
# These authors equally contributed to this work

 

17. Miyoshi T., Kanoh J., and Ishikawa F.*
Fission yeast Ku protein is required for recovery from DNA replication stress.
Genes Cells. 14(9), 1091-1103. (2009) DOI: 10.1111/j.1365-2443.2009.01337.x.

 

19. Hirota K., Miyoshi T., Kugou K., Hoffman C.S., Shibata T., and Ohta K.*
Stepwise chromatin remodelling by a cascade of transcription initiation of non-coding RNAs.
Nature. 456(7218), 130-134. (2008) DOI: 10.1038/nature07348.

 

20. Miyoshi T., Kanoh J., Saito M., and Ishikawa F.*
Fission yeast Pot1-Tpp1 protects telomeres and regulates telomere length.
Science. 320(5881), 1341-1344. (2008) DOI: 10.1126/science.1154819.

 

21. Miyoshi T., Sadaie M., Kanoh J., and Ishikawa F.*
Telomeric DNA ends are essential for the localization of Ku at telomeres in fission yeast.
J. Biol. Chem. 278(3), 1924-1931. (2003) DOI: 10.1074/jbc.M208813200.

1. 三好　知一郎
「レトロトランスポゾンLINE-1によるゲノムの改変機構」
RBC (Radiation Biology Center Kyoto University) NEWSLETTER 173, 2-5 (2022)

 

2. 三好　知一郎
「ヒトレトロトランスポゾンと宿主因子との間で繰り広げられる攻防と連携」
生化学 92, 726-730. (2020)

 

3. 「ゲノム　第4版」 Brown T.A.　メディカル・サイエンス・インターナショナル (2018)
監訳：石川　冬木、中山　潤一
共訳：三好　知一郎（第17章 組換えと転移）

 

4. 「研究留学のすゝめ！ 渡航前の準備から留学後のキャリアまで」　羊土社 (2016)
UJA (海外日本人研究者ネットワーク)編集
三好　知一郎（第10章 私の留学体験記）

 

5. 三好　知一郎、伊藤　将、太田　邦史
「染色体の高次構造とS期チェックポイントを減数分裂期の組換え開始と連係させるリエゾンタンパク質」
ライフサイエンス新着論文レビュー (2012)

 

6. 三好　知一郎
「減数分裂期の相同組換え開始に必須なMde2は、染色体高次構造の構築とS期チェックポイントを連携させることで、組換えの場所とタイミングの両方を制御する」
「ゲノムを支える非コードDNA領域の機能」ニュースレター 第３号 (2012)

 

7. 太田　邦史、小田　有沙、Josephine Galipon、竹俣　直道、三好　知一郎、廣田　耕志
「長鎖ncRNAによるクロマチン・転写活性化の制御」
実験医学29, 1722-1726. (2011)

 

8. 三好　知一郎、石川　冬木
「分裂酵母Pot1-Tpp1による染色体末端保護とテロメア長制御」
実験医学 26, 2601-2605. (2008)

 

9. 三好　知一郎、石川　冬木
「ヒトと分裂酵母で保存されたテロメアの最末端構造」
蛋白質 核酸 酵素 53, 1850-1857. (2008)