独自に開発した自動サンプル収集プラットフォームにより、個体内における高密度・高頻度の縦断的マイクロバイオームプロファイリングを実現しています。
これにより、従来の疎なサンプリングでは捉えることが困難であった腸内生態系の遷移過程や日周変動を高精細に記述し、微生物集団の協調的ダイナミクスを明らかにします。

近年飛躍的に進展しているロングリードシーケンシング技術を積極的に活用し、メタゲノム解析を高度化しています。
腸内をはじめとする多様なマイクロバイオームにおいて、細菌株レベルでの完全長ゲノム再構築を可能にする技術開発を進めています。
さらに、ファージやプラスミドなどの可動性遺伝因子（MGE）や、微生物間の水平遺伝子伝播（HGT）を含め、マイクロバイオームを構成する遺伝因子の包括的構造を解明します。
これらの取り組みにより、マイクロバイオームとヒトの健康との関連を、より精緻かつ構造的に再評価するための基盤を構築します。

多様なヒトおよび動物コホートを対象に解析を行い、個体間変動の構造とその決定因子を明らかにします。
疾患状態、宿主表現型、環境要因と関連するマイクロバイオーム特徴を同定し、治療標的となる微生物の発見や微生物由来バイオマーカーの開発につなげます。
これらの基礎研究成果を、将来的な診断・予防・治療戦略へと展開することを目指しています。