近年のトランスクリプトーム研究のもたらした大きな成果の一つに、タンパク質をコードしない「非コードゲノム領域」の重要性の解明が挙げられます。多様な真核生物においてゲノムの極めて大きな領域を占める非コードゲノム領域には、RNAとしてさまざまな機能を果たす非コードRNAや、ゲノム中を転移する性質をもつトランスポゾンなどが含まれます。生物学の広大な未開拓領域として残されている非コードゲノム領域の機能メカニズムを明らかにし、これを制御することで、新たな視点から発生不全を含む疾患の理解を目指します。

1. トランスポゾンの機能的役割
   
   とくに高等真核生物のゲノムの膨大な割合を占めるトランスポゾンの機能的役割は？クロマチン状態や遺伝子発現、さらには表現型や疾患にトランスポゾンが及ぼす影響は？
2. トランスポゾン制御機構
   
   ゲノムの不安定化を誘導する「負」の側面と、進化や生物の多様化を促進する「正」の側面をもつトランスポゾン。これらトランスポゾンの発現はどのように調整されているのか？
3. 非コードRNAの機能メカニズム
   
   タンパク質に翻訳されずにRNAとして働く因子がもつ未知の役割とは？非コードRNAの機能メカニズムを理解することで新たなエピゲノム改変ツールを開発できないか？

特に関連する研究分野・研究領域は、以下の通りです。

• 【分子生物学】特に生化学・エピジェネティクス・クロマチン生物学
• 【ゲノム生物学】特にオミクス解析・システムゲノム科学
• 【RNA生物学】特に非コードRNA・小分子RNA・RNAサイレンシング

論文一覧についてはこちらに掲載しています。

日本語総説等についてはこちらに掲載しています。

以下は、最近の研究成果を中心にした代表的な論文になります。
# co-first author; * corresponding author

• Takeuchi C, Yokoshi M, Kondo S, Shibuya A, Saito K, Fukaya T, Siomi H*, Iwasaki YW*.
  Nucleic Acids Research, 50(20): 11580–11599 (2022)
  Mod(mdg4) variants repress telomeric retrotransposon HeT-A by blocking subtelomeric enhancers.
• Iwasaki YW*, Sriswasdi S, Kinugasa Y, Adachi J, Horikoshi Y, Shibuya A, Iwasaki W, Tashiro S, Tomonaga T, Siomi H*.
  The EMBO Journal, 40: e108345 (2021)
  Piwi–piRNA complexes induce stepwise changes in nuclear architecture at target loci.
• Hasuwa H, Iwasaki YW, Au Yeung WK, Ishino K, Masuda H, Sasaki H, Siomi H*.
  Nature Cell Biology, 23: 1002-1012 (2021)
  Production of functional oocytes requires maternally expressed PIWI genes and piRNAs in golden hamsters.
• Murano K#, Iwasaki YW#*, Ishizu H, Mashiko A, Shibuya A, Kondo S, Adachi S, Suzuki S, Saito K, Natsume T, Siomi MC, Siomi H*.
  The EMBO Journal, 38: e102870 (2019)
  Nuclear RNA export factor variant initiates piRNA‐guided co‐transcriptional silencing.
• Nishida KM#, Sakakibara K#, Iwasaki YW, Yamada H, Murakami R, Murota Y, Kawamura T, Kodama T, Siomi H, Siomi MC*.
  Nature, 555: 260-264 (2018)
  Hierarchical roles of mitochondrial Papi and Zucchini in Bombyx germline piRNA biogenesis.
• Iwasaki YW, Murano K, Ishizu H, Shibuya A, Iyoda Y, Siomi MC, Siomi H*, Saito K*.
  Molecular Cell, 63: 408–419 (2016)
  Piwi modulates chromatin accessibility by regulating multiple factors including Histone H1 to repress transposons.
• Sato K#, Iwasaki YW#, Shibuya A, Carninci P, Tsuchizawa Y, Ishizu H, Siomi MC*, Siomi H*.
  Molecular Cell, 59: 553–563 (2015)
  Krimper enforces an antisense bias on piRNA pools by binding AGO3 in the Drosophila germline.
• Iwasaki YW, Siomi MC*, Siomi H*.
  Annual Review of Biochemistry, 84: 405-433 (2015)
  PIWI-interacting RNA: its biogenesis and functions.
• Hirano T#, Iwasaki YW#, Lin ZY, Imamura M, Seki NM, Sasaki E, Saito K, Okano H, Siomi MC, Siomi H*.
  RNA, 20: 1223-1237 (2014)
  Small RNA profiling and characterization of piRNA clusters in the adult testes of the common marmoset, a model primate.
• Iwasaki YW#, Kiga K#, Kayo H, Fukuda-Yuzawa Y, Weise J, Inada T, Tomita M, Ishihama Y, Fukao T*.
  RNA, 19: 490-497 (2013)
  Global microRNA elevation by inducible Exportin 5 regulates cell cycle entry.

研究室に参加される方には、学問を志すやる気と自ら考えて行動する積極性に加えて、柔軟な発想と遊び心、さらに、日本語か英語かによらず自分の考えを明確に表現しつつ仲間と議論・協調していく姿勢を持つことを期待しています。具体的な研究テーマの決定にあたっては、先述した研究テーマに関連するなかで、メンバーが自分自身で考えたユニークなアイデアも積極的に取り入れていきます。

大学院生として研究室に参加することを目指す方へ

共同研究契約により大学院生を受け入れることが可能です。詳細はご相談ください。

理化学研究所には、修士課程学生で博士課程への進学を目指す方および博士課程学生向けに、奨励金を支援するための大学院教育プログラム・人材育成プロジェクトなどの制度があります。 詳しくは、理化学研究所 若手研究者の登用・育成制度の「大学院生リサーチ・アソシエイト（博士課程対象）」、「理研スチューデント・リサーチャー（修士課程・博士課程対象）」、「国際プログラム・アソシエイト（留学生対象）」を確認してください。

上記の他にも、博士課程学生向けに奨励金と研究費を支援する日本学術振興会 特別研究員（DC）や各種の大学院教育プログラム・人材育成プロジェクトへの応募を積極的に推奨しています。なお、博士後期課程から入学する場合にも、早めにご連絡いただければ出願前からこれらの点について相談にのることができます。

研究室見学や質問は随時受け入れていますので、希望する方は私たちのこれまでの研究や岩崎が執筆した日本語記事をご覧いただいた上で、岩崎までメールにてご連絡ください。

研究者として研究室に参加することに興味のある方へ

私たちのこれまでの研究や岩崎が執筆した日本語記事をご覧いただいた上で、岩崎までメールにてご連絡ください。公募の情報は理化学研究所ウェブサイト（「非コードゲノム機能」でフリーワード検索してください）に掲載されることがあるほか、公募を出していない場合でも研究員の受け入れが可能なことがあります。また、フェローシップ（理化学研究所 基礎科学特別研究員制度、日本学術振興会特別研究員（PD）等）への応募を歓迎します。特に、自らフェローシップを獲得して参加される方の研究テーマについては、私たちの研究室が持つアプローチを活用した幅広いテーマを積極的に受け入れます。

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理化学研究所 生命医科学研究センター 非コードゲノム機能研究チーム
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